2071-re a világ nagy részét elpusztították az Aragami néven ismert, rejtélyes természetfeletti szörnyek. Az emberek utolsó védelmi vonalként létrehozták a Fenrir szervezetet, amelynek harcosai a God Eaterek. Ők az Aragamik sejtjeiből készült God Arcs szuperfegyverekkel veszik fel a harcot a szörnyek inváziójával szemben.